Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) adalah kegiatan sistemik penjaminan mutu pendidikan tinggi oleh setiap perguruan tinggi secara otonom atau mandiri untuk mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan, sebagaimana ditetapkan dalam Pasal 53 UU Pendidikan Tinggi, Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi (SPM Dikti) terdiri atas Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) dan Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) atau akreditasi.

SPMI dikembangkan secara mandiri oleh perguruan tinggi sesuai latar belakang sejarah, nilai dasar yang menjiwai pendirian perguruan tinggi tersebut tanpa campur tangan pihak lain.

Prinsip SPMI yang sesuai dengan UU Dikti dan No. 62 tahun 2016 tentang SPM Dikti dapat dirangkum sebagai berikut:

a. Otonom
b. Terstandar
c. Akurasi
d. Terencana dan berkelanjutan
e. Terdokumentasi  

           SPM Dikti bertujuan menjamin pemenuhan standar pendidikan tinggi secara sistemik dan berkelanjutan, sehingga tumbuh dan berkembang budaya mutu. Tujuan SPMI yaitu meningkatkan mutu pendidikan tinggi secara sistemik dan berkelanjutan melalui PPEPP Standar Dikti, sehingga tumbuh dan berkembang budaya mutu. SPM Dikti berfungsi mengendalikan penyelenggarakan pendidikan tinggi oleh perguruan tinggi untuk mewujudkan pendidikan tinggi yang bermutu.

Dokumen SPMI berbeda dengan dokumen lainya yang lazim dimiliki perguruan tinggi seperti Statuta dan Rencana Strategis (Renstra). Menurut pasal 8 ayat (4) huruf b No. 62 Tahun 2016, Dokumen SPMI terdiri atas Dokumen Kebijakan SPMI, Dokumen Manual SPMI, Dokumen Standar dalam SPMI (Standar Dikti), dan Dokumen Formulir yang digunakan dalam SPMI.

Implementasi SPMI adalah tindakan menerapkan SPMI di Perguruan tinggi dimulai dari perencanaan SPMI, pelaksanaan SPMI, evaluasi dan pengendalian SPMI, dan pengembangan SPMI. Implementasi Standar dalam SPMI (Standar Dikti) terdiri atas sebuah siklus yang mencakup Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi Pelaksanaan, Pengendalian Pelaksanaan, dan Peningkatan (PPEPP) Standar dalam SPMI (Standar Dikti).

Model organisasi dan kelembagaan Sistem Penjaminan Mutu Internal, implementasi SPMI di suatu perguruan tinggi dilakukan baik pada tingkat perguruan tinggi (Universitas, Institut, Sekolah Tinggi, Politeknik, Akademi, Akademi Komunitas), maupun pada tingkat Fakultas dan tingkat unit pengelola Program Studi (Jurusan, Departemen, Bagian, jika ada). Pengendali Sistem Penjaminan Mutu Internal di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta yaitu PSMU, PSMF dan PSMP selanjutnya disebut pengendali mutu.